세월이 흘러 빌리 펠처와 케이트 베린저는 켕스턴의 작은 마을을 떠나 뉴욕의 맨하탄으로 온다. 그곳에서 그들은 거대한 사업체를 운영하는 다니엘 클램프 소유의 최첨단 하이테크 건물인 클램프 타워에서 일하게 된다.

뉴욕이라는 도시의 화려함과 함께 재개발회사 사장 클램프는 최신 건물의 근처에 위치한 초라하고 지저분한 중국 건물들을 헐고 다시 지으려하지만 반대에 부딪힌다. 그 와중에 중국인 노인이 죽자 기즈모가 발견되고, 우연하게도 클램프 타워의 연구실로 오게 되어 빌리와 재회한다.

그러나 서랍에 숨겨둔 기즈모는 청소부의 실수로 물에 닿아 그렘린들을 또다시 생기게 하는데...